העמותה מפעילה כיום מכינה קדם צבאית, מכינת איתן, השוכנת במישור אדומים ופונה לכלל האוכלוסייה הישראלית. מכינת איתן היא מכינה ייחודית הפונה לנערים המתפתחים רוחנית לא רק דרך בית המדרש אלא גם דרך חיי המעשה. במכינה מספר מסלולים כדוגמת חקלאות, בנייה וייצור בעץ ובמתכת. במכינה לומדים גם חניכים בודדים שאין להם בית לחזור אליו. העמותה פועלת להקמת מתחם הקבע באתר הצופה למדבר יהודה.
העמותה מפעילה כולל חינוכי ייחודי שבמסגרתו משולבים הלומדים בעשייה חינוכית מגוונת מיד עם תחילת לימודיהם כפרחי הוראה, רבני גנים ומדריכים. לצד הכולל פועלים בתי מדרש שונים לאוכלוסיות מותאמות, ובהן נשים, גמלאים וקבוצות נוספות.
העמותה מפעילה כיום שתי מסגרות לילדים, מועדונית צמ"ד לילדים עם צרכים מיוחדים ולימודייה לילדי רווחה. מועדונית צמ"ד היא מרחב ייחודי, מלא אהבה ונתינה, שנועד להעניק לילדים בעלי צרכים מיוחדים שמחה, הנאה ומפגש חברתי מעצים. מתוך תפיסה חינוכית וקהילתית. המועדונית ממוקמת לכתחילה באולפנת צביה מעלה אדומים, ובמהלך השבוע עשרות נערות האולפנה חונכות ומלוות את הילדים, שזוכים לזמן של כיף, בילוי וחברה. דרך המסע הזה גם הנערות עוברות בעצמן תהליך אישי והתפתחותי, במעגלים של נתינה שמשפיעים על כל המעורבים.
הלימודייה לילדי רווחה מיועדת לילדים הזקוקים מדי יום, אחרי הלימודים הפורמליים, למסגרת אוהבת ותומכת, אשר תכבד אותם בארוחה חמה, יחס חם, והכנת שיעורי בית במטרה לעזור להם לשמור על רמת לימודים גבוהה.
מיזם "משפחה מאושרת" פועל לחיזוק החוסן האישי והקהילתי באמצעות העצמת המשפחתיות. מיזם "לבבות" לייעוץ להורי מתבגרים פועל גם הוא במסגרת העמותה.
בית מורשת מפעילה מיזמים נוספים עבור האוכלוסייה הצעירה, כגון: צהרונים, קייטנות וחוגים, תכנית רבני גנים בהתאם לצרכים, ומפתחת מיזמים נוספים המתנהלים לקראת הבשלתם לכדי יציאה לאור עולם. המאחד בין כל המיזמים הוא תפיסת עולם חינוכית ייחודית המתפתחת תוך כדי פעילות.
מחזור הפעילות של העמותה בעשור השנים שבין 2011–2020 עומד על כ־33,000,000 ₪ והוא מבוסס על מתן שירותים בתמורה, מימון ממשלתי ומקומי ותרומות של שותפים רבים לחזון ולשליחות של העמותה המתומצתת בסיסמתה: "יחד לוקחים אחריות".
עשרות אנשים ונשים מתנדבים ומועסקים בעמותה בהיקפי משרה שונים וכולם שותפים לחזון של העצמה חברתית וחינוכית, מתוך ראיה תורנית ומתוך תפיסה של אהבת עם ישראל וארץ ישראל.

בית מורשת החלה את דרכה בשנת תשס"א (2001), כחלק מרשת הגרעינים של קרן מורשת, ביוזמת הרב אלי קפלן, תושב העיר מעלה אדומים, תלמידו של הרב צבי יהודה הכהן קוק זצ"ל. הגרעין מאגד קבוצה של עשרות רבות של משפחות המתגוררות ברחבי העיר ורואות את עצמן חלק מקהילת הגרעין וככוח משפיע על הלך הרוח בעיר. חלק גדול מהמשפחות הגיע לעיר לאחר לימוד בבית המדרש של הגרעין או מעבודה באחד ממיזמי הגרעין. המשפחות השתלבו בהמשך דרכן במסגרות חינוכיות מגוונות בכל תחומי העשייה החינוכית, מתוך אכפתיות ומעורבות חברתית וקהילתית.
בשנת תשס"ג (2003) נרשמה בית מורשת כעמותה עצמאית. מטה העמותה שוכן בעיר מעלה אדומים.

בשנים האחרונות החלה העמותה לכוון את פעילותה להקמת והובלת מיזמים במישור הלאומי ולא רק במישור המקומי. בעשור זה חיזקה בית מורשת את קשריה עם גורמי ממשל וממסד, פיתחה מודלים לעבודה קהילתית והתמקדה ביצירת שותפויות ומיזמים בתחומי פעילותה.

ברשות העמותה אישור ניהול תקין של רשם העמותות ואישור 46 להחזר מס הכנסה.